Los padres capuchinos regresaron al Ecuador en 1949, luego de la expulsión decretada en tiempos de Alfaro. En 1953 el Papa Pío XII creó la Prefectura Apostólica del Aguarico, separándola del Vicariato Apostólico del Napo y la encomendó a los Hermanos Menores capuchinos “ad nutum Sanctae sedis” y fue su primer Prefecto el padre Miguel Gamboa de Arrazu.

Desde el inicio además de la predicación de la fe se dedicaron a fundar escuelas, dispensarios médicos, talleres, centros ganaderos, piladora de arroz, planta de electricidad, aserraderos mecánicos, etc. En 1954 entraron las Misioneras Lauritas a colaborar en tan amplio campo de labor apostólica hasta su retiro por falta de personal en 1977. Este mismo año llegaron las Terciarias Capuchinas de la Sagrada Familia. Poco a poco los misioneros liberaron a los indígenas de la opresión de dueños de tierras y de comerciantes por medio de la instalación de tiendas comunales y del empleo de trabajadores con salarios justos, fundaron cooperativas y dieron formación artesanal. Organizaron comunas indígenas para evitar el robo de las tierras. La Prefectura fue elevada a Vicariato en 1984, y también allí la presencia de campos petrolíferos trajo complicaciones que los misioneros tuvieron que enfrentar con valentía y creatividad. Consecuencia de ello fue la muerte, el 21 de julio de 1987, de Mons. Alejandro Labaka y de la religiosa terciaria capuchina, Inés Arango que le acompañaba en el intento de iniciar contactos con grupos indígenas todavía alejados de la fe y molestados por las petroleras.

GONZÁLEZ, Antonio. Historia de las Misiones en Ecuador. CEE 2007.